Doanh nghiệp mất sổ sách kế toán, con dấu vẫn được thực hiện thủ tục giải thể, nhưng thời gian có thể kéo dài do cần kê khai bổ sung, giải trình hoặc nộp phạt hành chính.
Gần đây, nhiều chủ doanh nghiệp loay hoay tìm cách giải thể công ty sau khi bị đưa vào trường hợp không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (trạng thái 06). Phần lớn các công ty này không hoạt động trong nhiều năm, chưa phát sinh doanh thu, hóa đơn hay khai thuế định kỳ.
Theo hướng dẫn của cơ quan thuế, doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký muốn giải thể phải hoàn tất các nghĩa vụ về thuế, hóa đơn, đơn vị phụ thuộc trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động.
Tuy nhiên, khi chuẩn bị hồ sơ giải thể công ty để tránh bị hoãn xuất cảnh, nhiều người phát hiện đã thất lạc các chứng từ quan trọng như giấy phép đăng ký kinh doanh, hóa đơn, sổ sách kế toán, con dấu...
Luật sư Nguyễn Thanh Hà, Chủ tịch Công ty luật SBLaw cho rằng doanh nghiệp có thể thực hiện thủ tục giải thể ngay cả khi mất một phần hoặc toàn bộ chứng từ và con dấu. Pháp luật không quy định việc lưu giữ đầy đủ chứng từ và con dấu là điều kiện tiên quyết để doanh nghiệp được giải thể.
Việc mất tài liệu, theo luật sư Hà, không đồng nghĩa các công ty này được miễn nghĩa vụ thanh toán nợ thuế, lương, và bảo hiểm bắt buộc (trợ cấp thôi việc, bảo hiểm thất nghiệp, BHXH, BHYT...).
Ông Hà nhận định khó khăn lớn nhất của quy trình giải thể doanh nghiệp không đến từ việc nộp hồ sơ tại cơ quan đăng ký kinh doanh, mà ở khâu xác định và hoàn tất nghĩa vụ thuế khi đơn vị không còn đủ tài liệu chứng minh lịch sử hoạt động.
"Thiếu chứng từ hoặc con dấu không phải lý do doanh nghiệp không được giải thể, nhưng có thể làm thủ tục giải thể kéo dài hơn", ông nói.
Đối với hóa đơn, chứng từ hoặc sổ sách kế toán bị mất, doanh nghiệp vẫn có trách nhiệm kê khai, báo cáo thuế và chứng minh việc hoàn thành các nghĩa vụ tài chính. Bước đầu tiên họ cần làm là rà soát toàn bộ tình trạng pháp lý, thuế, hóa đơn, lao động và nghĩa vụ tài chính. Sau đó, xác định nguyên nhân và phạm vi chứng từ bị mất.
Từ đây, doanh nghiệp có thể tìm cách khôi phục từ những nguồn có khả năng còn lưu giữ như dữ liệu hóa đơn điện tử, tờ khai thuế, sao kê ngân hàng, hợp đồng, chứng từ của đối tác, khách hàng hoặc nhà cung cấp.
Nếu bị mất vì sự kiện bất khả kháng (ví dụ hỏa hoạn hoặc thiên tai), đơn vị cần thu thập và lưu giữ tối đa tài liệu chứng minh nguyên nhân xảy ra sự việc. Tùy từng trường hợp, hồ sơ có thể gồm biên bản xác nhận hỏa hoạn của cơ quan có thẩm quyền, thông báo hoặc xác nhận thiên tai, kiểm kê tài sản, giám định của công ty bảo hiểm, hình ảnh, video về hiện trường sự việc...
Trong trường hợp không thể khôi phục đầy đủ chứng từ, công ty vẫn có thể thực hiện thủ tục giải thể. Cơ quan thuế sẽ rà soát và xác định nghĩa vụ thuế tồn đọng, và yêu cầu giải trình hoặc bổ sung giấy tờ cần thiết.
Nếu phát hiện còn thiếu tờ khai hoặc có sai sót trong quá trình kê khai, doanh nghiệp buộc phải bổ sung và nộp các khoản thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt (nếu có).
Đối với con dấu bị mất, việc xử lý có thể đơn giản hơn. Doanh nghiệp cần xác định loại con dấu và cơ chế quản lý, sử dụng theo quy định nội bộ. Theo Luật Doanh nghiệp hiện hành, đơn vị được chủ động khắc lại con dấu mới theo quy chế nội bộ để hoàn thiện hồ sơ đóng mã số thuế và giải thể.
Theo luật sư Nguyễn Thanh Hà, những đơn vị chưa mua bán, không có tài sản hay lao động cũng có nghĩa vụ kê khai, báo cáo thuế trước khi giải thể như các đơn vị đã phát sinh doanh thu và chi phí. Nếu thiếu chứng từ, họ phải bổ sung và có thể bị xử phạt vi phạm hành chính.
Do vậy, ông khuyến nghị doanh nghiệp đã ngừng hoạt động thời gian dài và bị mất nhiều chứng từ, hóa đơn nên chủ động làm việc với cơ quan thuế, cơ quan đăng ký kinh doanh để xử lý sớm, hạn chế phát sinh thêm nghĩa vụ.
Từ đầu tháng 7, Cục Thuế yêu cầu các địa phương huy động tối đa nguồn lực để triển khai chiến dịch "làm sạch mã số thuế" với gần 620.000 doanh nghiệp. Trong số này, khoảng 292.000 công ty đã ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục giải thể và 325.500 đơn vị không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký, đang nợ thuế.
Tính tới cuối tháng 8, gần 95.000 doanh nghiệp, tổ chức đã hoàn tất thủ tục đóng mã số thuế, gấp đôi cùng kỳ năm ngoái. Trong đó, chỉ hơn 23.000 hồ sơ phát sinh mới trong năm 2026. Còn lại, gần 72.000 trường hợp tồn đọng từ năm 2025 trở về trước, được ngành thuế xử lý trong đợt làm sạch dữ liệu, mã số thuế.
